DexFile no contiene classs generadas después de agregar la configuration de Kotlin en Android 4.4

Tengo algunas annotations personalizadas con procesamiento de anotación para generar algunas classs nuevas en mis aplicaciones. Luego uso DexFile para encontrar todos estos files.

final String apkName = context.getPackageManager() .getApplicationInfo(context.getPackageName(), 0).sourceDir; final DexFile dexFile = new DexFile(apkName); final PathClassLoader classLoader = new PathClassLoader( apkName, Thread.currentThread().getContextClassLoader()); final Enumeration<String> entries = dexFile.entries(); 

Las classs se generan con VelocityEngine a partir de templates y classs anotadas. El problema es cuando configuré Kotlin en mi proyecto mis classs generadas que ya no están en DexFile si la aplicación se ejecuta en Android 4.4. En Android 6.0 todo funciona bien.
La misma situación me sucedió cuando traté de agregar alguna dependencia adicional al proyecto.
Uso Android Studio 2.1.2 y el complemento Cradle 2.1.2.